Durante la década de los 50 la localidad de Chiguayante estuvo marcada por un alto crecimiento de la población debido a las pujantes industrias en la zona, lo que significó el aumento de obreros y sus familias. La fábrica había construido poblaciones para sus trabajadores en su recinto con una capacidad para 1300 personas, motivo por el cual resultaba imperioso tener un lugar para la educación formal.
Muchos de los hijos e hijas de dichos obreros no tenían cabida en la educación pública producto de las limitaciones de infraestructura escolar en la comuna, lo anterior, dio paso a la iniciativa de crear nuevas escuelas en el sector.
En este contexto, la profesora Inés Villegas González comenzó a educar a los hijos e hijas de los obreros de la “Fábrica Textil Caupolicán”, lugar en el que trabajaba como obrero su esposo José Luis Gajardo González.
El 4 de Septiembre de 1958 el Colegio obtuvo el permiso por el Decreto N° 3273 otorgándole el n°53 de los colegios particulares de Concepción. En un principio, el colegio se ubicaba en la calle Libertad y era dirigido por la señora Elena Molina que se había asociado con Inés Villegas para establecerse en su parcela.
En su primer año el colegio funcionó con 30 niños y niñas con edades que fluctuaban entre los 3 y 6 años con 3 cursos Kindergarten, Primero y Segundo Básico, siendo una innovación pedagógica por aquellos años la educación parvularia dado que el Estado recién crea la Junji en 1970 bajo el gobierno de Eduardo Frei Montalva.
Al finalizar su primer año de funcionamiento, la comisión evaluadora enviada por el gobierno describió de esta forma la primera presentación de la escuela:
“Una escuela que se ve entusiasmo e inquietud que anima a su Directora y profesora de hacer de niño un alumno aprovechado” ( 15 de Diciembre de 1958)
En 1960 la matrícula aumentó en 62 niños, y el siguiente año a 83 estudiantes, llegando hasta sexto año. Para el año 1963 el Colegio se establece en su ubicación actual en la calle prat n° 147, siendo dirigido finalmente por la profesora Inés Villegas, hasta el año 66 el colegio tiene cursos hasta Sexto año de humanidades en dos jornadas, mañana y tarde pero luego de la reforma educacional del gobierno de Eduardo Frei Montalva, el colegio tiene cursos de Primero a Octavo Básico. A principio de los años 90s el Colegio deja de ser Particular y pasa a ser un establecimiento subvencionado por el Estado. El Colegio Santa Inés hasta el día de hoy se ha caracterizado por tener una comunidad muy participativa, siendo catalogado como un establecimiento familiar, con una cultura de activa participación de toda una comunidad en diversas actividades fundamental para el desarrollo escolar.